Das Fachgebiet Gewässer- und Bodenschutz sorgt dafür, dass die Gewässer (dazu zählen sowohl das Grundwasser als auch die oberirdischen Gewässer) bei bestimmten Benutzungen und Maßnahmen nicht verunreinigt und nachteilige Veränderungen auf die Gewässer verhütet werden.

Einige Gewässerbenutzungen bedürfen deshalb auch gesonderter Erlaubnisse bzw. Genehmigungen.

In wasserrechtlichen Verfahren wird dies vorrangig durch die Anordnung von Auflagen vollzogen. Aber auch regelmäßige Kontrollen aller wasserbaulichen und wasserrechtlich zugelassenen Anlagen vor Ort sichern die Reinhaltung der Gewässer.

Weiterhin obliegt der unteren Wasserbehörde die Aufgabe der Unterhaltung der Fließgewässer zweiter Ordnung, dazu zählen Bäche. In Gera gibt es 48 namentlich benannte Bäche mit einer Gesamtlänge von ca. 128 km. Teile der Stadt befinden sich außerdem in Trinkwasserschutzgebieten bzw. Überschwemmungsgebieten, in denen bestimmte Ge- und Verbote zu beachten sind. Dazugehörige Kartengrundlagen können im Sachgebiet nach Vereinbarung bzw. Voranmeldung von jedermann eingesehen werden.