Die Bevölkerung der Stadt Gera gehörte anfangs zum Bistum Naumburg. Kaiser Otto III. schenkte 999 das Land Gera mit allem Zubehör seiner Schwester, der Äbtissin des Stifts Quedlinburg, zur freien Verfügung. Später war Gera Sitz eines Dekanats innerhalb des Archidiakonats Zeitz.
1533 wurde die Reformation eingeführt. Danach war die Stadt über viele Jahrhunderte eine fast ausschließlich protestantische Stadt. 1920 schloss sich die kleine "Evangelisch-Lutherische Kirche des Fürstentums Reuß jüngere Linie", mit sechs anderen Landeskirchen Thüringens zur "Thüringer Evangelischen Kirche" zusammen, aus der sich später die Evangelisch-Lutherische Kirche in Thüringen entwickelte. Die heute bestehenden Kirchgemeinden und Pfarrämter in und um Gera bilden zusammen eine Superintendentur.
Im 19. Jahrhundert zogen auch wieder Katholiken in die Stadt. 1894 gründeten sie eine eigene Kirchgemeinde und erbauten die Kirche St. Elisabeth, zu der auch die Katholiken benachbarter Städte und Gemeinden gehörten. Heute gehören zur Pfarrei St. Elisabeth neben der Hauptkirche auch die Kapellen St. Jakobus in Gera-Langenberg und Maria Geburt in Ronneburg. Ferner gibt es seit 1978 im Stadtteil Gera-Lusan die Pfarrei Hl. Maximilian Kolbe. Die Stadt ist heute Sitz eines Dekanats innerhalb des Bistums Dresden-Meißen.

Neben den beiden großen Kirchen gibt es verschiedene Freikirchen, darunter die Evangelisch-Freikirchliche Gemeinde (Baptisten), die Evangelisch-Methodistische Gemeinde (Methodisten), die Freie Evangelische Gemeinde, die Adventgemeinde (Adventisten), die Evangelische Christengemeinde (Pfingstgemeinde), die Benjamin-Gemeinde, die Christliche Gemeinde und Relationship Gera. Zudem sind die Christengemeinschaft (Antroposophen), eine Neuapostolische Gemeinde und die Zeugen Jehovas in Gera vertreten.